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制藥廢水處理是我國亟待解決的問題。我國是一個缺水的國家，人均日用水量僅為世界人均占有量的四分之一。有400多個嚴重缺水的城市，占全國城市的三分之二。嚴重的水短缺主要是由于水源和水質造成的。因此，節水、污水凈化和中水回用是我國社會主義經濟發展的方向。
 
制藥廢水處理在我國尚未得到有效開發。我國醫藥工業的發展是不平衡的。企業很多，但是規模很小，生產技術水平也不同。一些公司的生產過程有限，限制了無法回收廢水中大量有效成分的能力，增加了廢水處理的難度，并限制了廢水的再利用，從而浪費了水資源，增加了水的成本和水體污染。
 
制藥廢水危害主要體現在以下幾個方面：
 
1.消耗水體中的溶解氧。制藥廢水將大量有機物帶入天然水中，微生物需要消耗水中大量的溶解氧來降解這些有機物。在此過程中，水體中的耗氧率大于再氧化率，這將導致水中的溶解氧減少。水體中的溶解氧太低將導致其中的好氧生物死亡，這將導致水體發臭并污染水環境。
 
2.破壞水體的生態平衡。藥品及其合成中間體，尤其是生物制藥過程，將產生大量殺菌和抗菌物質。這些物質在排入水體后會殺死水體中的原始細菌和藻類，嚴重影響原始生態系統，并影響水體的自凈功能。
 
3.對人體健康的危害。制藥廢水中的某些物質保留在環境中，因為它們無法被天然水體中的微生物降解。低濃度，逐漸富集高濃度。當食物鏈和食物網進入人體時，對人體健康產生微妙的影響和傷害。
 
隨著國家環保意識的不斷提高以及各種環境保護政策的逐步實施和完善，制藥企業也越來越關注制藥廢水處理。制藥廢水處理該技術也在不斷地研究和創新，希望制藥公司也可以關注清潔生產，并使其更易于處理和回用廢水。